Istebna została zasiedlona dosyć późno. Pierwsi drwale i pasterze pojawili się tutaj na dobre dopiero w XVII wieku. Od początku związani z nieodległym Jabłonkowem (obecnie w Czechach), tam też uczęszczali do kościoła parafialnego.
Na przełomie XVII i XVIII wieku na terenie opanowanym przez protestantów akcję rekatolizacji rozpoczęli misjonarze z zakonu jezuitów. W Istebnej i okolicznych osadach działał ksiądz Leopold Tempes. Wpierw odprawiał on nabożeństwa pod gołym niebem, jednak wkrótce, wysiłkiem górali i żołnierzy z szańców jabłonkowskich, zbudowano niewielki drewniany kościółek. Służył on wiernym do końca XVIII stulecia.
W latach 1792-1794 stanął nowy kościół pod wezwaniem Dobrego Pasterza. Najbardziej czytelnym nawiązaniem do stylu barokowego jest wieża zwieńczona cebulastym hełmem. Świątynię rozbudowano w latach 20. ubiegłego wieku.
Kościół jest trzynawowy z emporami.
Wewnątrz zachowało się kilka pamiątek ze starej świątyni. Przy wejściu, nad progiem umieszczono belkę z datą 1720, w bocznym zaś ołtarzu odnajdziemy krucyfiks z drewna lipowego (według legendy wykonali go uczniowie Wita Stwosza).
Wystrój świątyni również nawiązuje do baroku. Jest jednak dziełem artystów żyjących w XIX i XX wieku. Ludwik Konarzewski senior – plastyk urodzony w Warszawie, ale mieszkający w Istebnej, wyrzeźbił ołtarz główny, ambonę w kształcie łodzi, chrzcielnicę, balaski oraz wiele figur świętych. Pomógł także wykonać polichromię, zaprojektowaną przez istebnianina – Jana Wałacha. Ten ostatni namalował m.in. obraz Chrystusa Dobrego Pasterza z górską panoramą w tle (w ołtarzu głównym), a także wizerunki świętych: Maksymiliana Kolbego, Teresy od Dzieciątka Jezus i Jana Sarkandra. Autorstwa Ludwika Konarzewskiego juniora są rzeźby św. Józefa (ołtarz boczny), scena chrztu Chrystusa nad chrzcielnicą oraz polichromia w kaplicy j po prawej stronie prezbiterium. Swój wkład w ozdobienie świątyni wniosła także Maria Konarzewska, tworząc oryginalną ceramikę, którą znajdziemy we wspomnianej kaplicy.
Warto wspomnieć, że w latach 1917-1950 proboszczem w kościele Dobrego Pasterza był ksiądz Emanuel Grim – pisarz, społecznik, folklorysta.
